Kontrolerzy ocenili negatywnie pracę instytucji zarówno w sferze organizacji, jak i działania. Za szczególnie oburzające Izba uznała fakt, że w latach 2006/2007 nie wykorzystano ponad miliarda złotych, przeznaczonych na budowę dróg.
Wiceprezes NIK Jacek Kościelniak wśród głównych przyczyn ślimaczącej się budowy dróg wymienia złe przygotowanie dokumentów przetargowych, opóźnienia przy wykupie gruntów i podpisywaniu umów na badania archeologiczne, braki w dokumentacji technicznej i finansowej oraz brak fachowców w Generalnej Dyrekcji. Doszło do tego, że stan techniczny mostów, wiaduktów i tuneli sprawdzają nieuprawnieni pracownicy, co może doprowadzić do tragedii.
Dyrektor Generalnej Dyrekcji Dróg Krajowych i Autostrad Lech Witecki, powiedział, że analiza wykonana w połowie maja przez nowe kierownictwo jest zbieżna z raportem NIK-u. Witecki podkreślił, że wyciągnął już wnioski z obu analiz i podjął działania, by udało się zrealizować przyjęty przez rząd "Program budowy dróg krajowych i autostrad na lata 2008-2012". Przewiduje on wydanie do końca 2012 roku ponad 121 miliardów złotych na budowę dróg.
Witecki powiedział, że w ostatnich trzech miesiącach pozyskał najlepszych specjalistów od kontroli i audytu oraz od wykorzystania środków unijnych. Wśród podjętych już działań wymienił też, wyodrębnienie wydziału monitorowania realizowanych projektów, Biura Audytu Wewnętrznego i Kontroli oraz Departamentu Środowiska, w celu zwiększenia nadzoru nad wykonywaniem raportów środowiskowych. Wprowadzono też zasadę, że do czasu wyboru ostatecznego wariantu przebiegu drogi, grunty nie będą wykupowane.
Zdaniem Najwyższej Izby Kontroli realizacja najnowszego programu rządowego na budowę dróg nie jest możliwa bez przeprowadzenia gruntownej reorganizacji GDDKiA. Inspektorzy NIK proponują, by podzielić Generalną dyrekcję na dwie instytucje: jedną odpowiedzialną za budowę autostrad i sieci dróg ekspresowych, a drugą zajmującą się remontami dróg.
Dyrektor Witecki zgadza się, że reorganizacja jest potrzebna, ale sprzeciwia się podziałowi urzędu. Podkreślił, że poczynił już wiele działań, by usprawnić podejmowanie decyzji. Zapewnił też, że nasz kraj zdąży z budową autostrad przed Mistrzostwami Europy w Piłce Nożnej w 2012 roku, których gospodarzem są Polska i Ukraina.
Ministerstwo Infrastruktury zapowiada, że do czerwca 2012 roku Polska wybuduje 3 tysiące kilometrów autostrad i dróg ekspresowych. Pozwoli to na doprowadzenie szybkich tras od granicy zachodniej do Warszawy, wybudowanie całej autostrady A1 oraz dróg szybkiego ruchu łączących wszystkie miasta-gospodarzy mistrzostw, a także na połączenie drogowe z Ukrainą.