W Islamabadzie Panetta spotkał się z z szefem pakistańskich sił zbrojnych generałem Kayanim oraz szefem wywiadu generałem Pashą. Generał Kayani oświadczył, iż w kraju nie ma miejsca dla amerykańskich instruktorów wojskowych. Komentatorzy uważają, że obecne napięcie w stosunkach pomiędzy wojskowymi pakistańskimi i USA to dalszy ciąg zadrażnień powstałych po rajdzie amerykańskich komandosów, którzy na początku maja zabili na terenie Pakistanu Osamę bin Ladena. O akcji tej Pakistańczycy dowiedzieli się dopiero po jej zakończeniu. Komentatorzy zauważają, że kręgi wojskowe Pakistanu są poirytowane amerykańskimi oskarżeniami o współpracę z talibami. Jednocześnie część ekspertów uważa, że oskarżenia te nie są bezpodstawne. Jak wyjaśnił generał Shankar Prasad, ekspert wojskowy z Indii, "w pakistańskiej armii są dwa rodzaje agentów. Jedna grupa to agenci talibów, którzy mają kontakty z wywiadem pakistańskim, są wspierani przez ten wywiad i przekazują informacje w obie strony. Druga grupa - groźniejsza dla Pakistanu i
dla świata - to dżihadyści, którzy zostali przyjęci do armii w okresie rządów generała Zia-ul-Haqa i którzy obecnie są uznanymi oficerami w randze generałów i brygadierów."
Władze Pakistanu twierdzą, że oskarżenia tego typu są fabrykowane, a armia pakistańska zrobiła wiele w walce z talibami.
