Stefan Meller po wydarzeniach marcowych w 1968 roku został usunięty z PZPR oraz z Polskiego Instytutu Spraw Międzynarodowych, gdzie był pracownikiem naukowo-dydaktycznym. Otrzymał sześcioletni zakaz wykonywania zawodu. W 1974 roku podjął pracę w filii Uniwersytetu Warszawskiego w Białymstoku. W czasie stanu wojennego współpracował ze środowiskami opozycyjnymi, publikował w wydawnictwach drugiego obiegu.
Meller był przez wiele lat redaktorem naczelnym miesięcznika historycznego "Mówią wieki", autorem książek i artykułów dotyczących nowożytnej i najnowszej historii Polski i Europy. Jego najważniejsze publikacje to: "Kamil Desmoulins", "Rewolucja francuska 1789-1794", "Rewolucja w dolinie Loary". Był konsultantem historycznym filmu "Danton" z 1982 roku w reżyserii Andrzeja Wajdy. Opublikował dwa tomy wierszy - "Wszystko na chwilę" oraz "Zaledwie minuta". Za zasługi w popularyzowaniu kultury francuskiej został odznaczony orderem Palm Akademickich.