Prokuratura Okręgowa w Warszawie oskarżyła Milczanowskiego, że 21 grudnia 1995 roku, jako szef MSW, w wystąpieniu sejmowym ujawnił tajemnicę państwową mówiąc, iż premier Oleksy był źródłem informacji dla wywiadu ZSRR i Rosji. Oleksy miał się kontaktować z oficerem KGB Władimirem Ałganowem. Prokuratura zarzuciła też Milczanowskiemu, że "bezprawnie powiadomił" o zarzutach wobec Oleksego między innymi ówczesnego prezydenta-elekta, Aleksandra Kwaśniewskiego, marszałków Sejmu i Senatu oraz ministra spraw zagranicznych.
W lutym ubiegłego roku sąd uznał, że Milczanowski naruszył tajemnicę państwową, ale działał w stanie wyższej konieczności, i uniewinnił go. W listopadzie Sąd Apelacyjny w Warszawie uchylił ten wyrok ze względów formalnych i zwrócił sprawę I instancji. Dziś Sąd Okręgowy w Warszawie ponownie uniewinnił byłego ministra.
