Podczas debaty podnoszono zastrzeżenia do zapisanych w projektach rozwiązań. Główne zarzuty dotyczyły pozbawienia szefa MON wyłącznej kontroli nad tą służbą i dopuszczenie do nadzoru koordynatora do spraw służb specjalnych. Zdaniem Roberta Strąka z LPR mimo możliwych sporów kompetencyjnych takie rozwiązanie zwiększy cywilną kontrolę nad wojskowymi służbami specjalnymi. Bardziej krytycznie to rozwiązanie oceniają Platforma Obywatelska i SLD. Platforma Obywatelska uważa, że PiS zmarnował szansę na spójna reformę służb specjalnych. Zdaniem Marka Biernackiego taki zapis może wprowadzić bałagan kompetencyjny w służbach, które powinny być uszami i oczami armii. Jerzy Szmajdziński z SLD argumentował dodatkowo, że dopuszczenie do kierowania służbami cywili może oznaczać upartyjnienie służb i zamach na apolityczność sił zbrojnych.
Nikt nie kwestionował pomysłu przeprowadzenia weryfikacji w tych służbach, podkreślano, że funkcjonariusze dopuszczali się nadużyć. Jednak cześć klubów sprzeciwiała się uogólnianiu tych uwag na całą służbę. SLD podnosiło też zarzuty wobec proponowanego sposobu przeprowadzenia weryfikacji funkcjonariuszy służb. Zdaniem Jerzego Szmajdzińskiego powinien istnieć tryb odwoławczy od decyzji komisji weryfikacyjnej, Lider klubu SLD wyrażał, też obawy, że to iż o składzie komisji weryfikacyjne decydować będą prezydent i premier oddaje faktycznie władzę w tej sprawie w ręce PiS.
SLD i LPR wyrażały wątpliwości wobec utrzymania możliwości werbowania dziennikarzy przez nowe wojskowe służby . Oba kluby przypominał, że PiS kwestionował tę zasadę w odniesieniu do WSI. SLD chce też powołania komisji , która zbadałaby działalność WSI i zweryfikował zarzuty pod adresem tej instytucji.
LPR i PiS odpierały zarzuty SLD, argumentując, że to Sojusz jest przykładem wykorzystywania wojskowych służb specjalnych, ale też cywilnych do politycznych celów.
