Problemy dla polskich portów położonych nad Zalewem Wiślanym pojawiły się z chwilą wejścia Polski do Unii Europejskiej. Wówczas rosyjski rząd wstrzymał żeglugę przez rosyjską część Zalewu. Przez 5 lat był to poważny problem dla takich miast jak Elbląg, dla których żegluga rosyjskimi wodami terytorialnymi ma znaczenie strategiczne.
Zezwolenie na żeglugę Zalewem Wiślanym Władimir Putin wydał już w lipcu. Jednak aby ta decyzja zaczęła obowiązywać, potrzebna była odpowiednia umowa na poziomie rządów Polski i Rosji.
Umowa wchodzi w życie w dniu jej podpisania, co oznacza, że od 1 września 2009 roku może odbywać się żegluga statków po Zalewie Wiślanym.