Za niezgodny z konstytucją sędziowie trybunału uznali jeden artykuł. Chodziło o ten, który dotyczy uprawnienia Rady Ministrów, aby w drodze rozporządzenia określała, z mienia których jednostek organizacyjnych lub mienia komunalnego może być wyłączona nieruchomość w celu jej przekazana jako nieruchomość zamienna lub na którą państwową jednostkę organizacyjną może być nałożony obowiązek odszkodowania.
Trybunał uznał za zgodny z konstytucją artykuł 70 ustawy o komisji, który odnosił się do nieruchomości w użytkowaniu wieczystym Kościoła. W pozostałej części wniosek SLD został umorzony. Przepisy dotyczące Komisji Majątkowej zaskarżyła do trybunału grupa posłów Sojuszu Lewicy Demokratycznej. Wnioskodawcy twierdzili, że komisja podejmowała decyzje, od których nie można było się odwołać, a jej postanowienia nie podlegały żadnej kontroli administracyjnej i prawnej.
Przez ponad 20 lat działalności komisja przekazała Kościołowi za majątek odebrany w czasie PRL - ponad 65,5 tysiąca hektarów ziemi oraz ponad 143,5 miliona złotych rekompensat i odszkodowań. Komisja rozpatrzyła łącznie ponad 2800 spraw. Do zbadania pozostało jeszcze 216 postępowań, które mogą być rozstrzygnięte na drodze sądowej.
