Przepisy dotyczące Komisji Majątkowej zaskarżyła doTrybunału grupa posłów SLD. Wnioskodawcy podnosili, że komisja podejmowała decyzje od których nie można było się odwołać, a jej postanowienia nie podlegały żadnej kontroli administracyjnej i prawnej. W wyniku tego samorządy, którym odbierano mienie aby je oddać Kościołowi nie miały możliwości obrony swoich interesów. Posłowie wnioskodawcy mają nadzieję, że Trybunał wyda merytoryczne rozstrzygnięcie, choć komisja już nie istnieje. W ich ocenie wyrok będzie miał znacenie praktyczne dla samorządów, które straciły wcześniej pozyskane nieruchomości a następnie musiały je oddać kościołowi. "Jeżeli nawet tylko jeden z artykułów spornej ustawy zostanie uznany za niekonstytucyjny, to - choć komisja nie istnieje - gminy będą miały podstawę dochodzenia od skarbu państwa odszkodowań za stracone mienie" mówił na poprzedniej rozprawie poseł Stanisław Rydzoń.
Reprezentujący sejm poseł Jerzy Kozdroń z PO uważa natomiast, że Trybunał powinien sprawę umorzyć wobec bezcelowości wydawania wyroku, bo już wcześnej sejm uchylił przepisybzakwestionowanej ustawy.
Posłowie są zgodni, że jeżeli Trybunał Konstytucyjny wyda merytoryczne rozstrzygnięcie - będzie ono miało wpływ na działanie pozostałych komisji wyznaniowych.
Przez ponad 20 lat działalności komisja przekazała Kościołowi -za majątek odebrany w czasie PRL - ponad 65 i pół tysiąca hektarów ziemi iponad 143,5 miliona złotych rekompensat i odszkodowań. Rozpatrzyła łącznie ponad 2800 spraw. Do zbadania pozostało jeszcze 216 postępowań, które mogą być rozstrzygnięte na drodze sądowej.
