Zaprzecza też o istnieniu jakiegoś konfliktu z Anną Fotygą w czasie, gdy oboje pracowali w Ministerstwie Spraw Zagranicznych. Doniesienia prasy na ten temat określił jako "absurdalne konfabulacje". Przypomniał, że minister Fotyga powierzyła jego nadzorowi sześć największych departamentów, opócz obowiązków związanych z negocjacjami polsko-amerykańskimi w sprawie tarczy.
"Nie powierza się takiej olbrzymiej funkcji człowiekowi, który nie budzi zaufania i nie ma sympatii" - powiedział Waszczykowski Informacyjnej Agencji Radiowej. "Gdyby był cień jakiegoś podejrzenia wobec mnie u pani minister Fotygi, to nie miałbym takiej olbrzymiej odpowiedzialności, a moja odpowiedzialność - w miarę współpracy z nią - rosła".
W ocenie Witolda Waszczykowskiego, media wzięły udział w jakiejś "grze", która miałaby pogorszyć atmosferę wokół wplątanych w nią osób i w efekcie wpłynąć na ewentualne decyzje personalne Lecha Kaczyńskiego. Przyczynę tej "zakulisowej gry" widzi w chęci przeciwdziałania wzmocnieniu pozycji prezydenta po jego zdecydowanej reakcji podczas kryzysu gruzińskiego.
Witlod Waszczykowski wątpi, by prezydent brał pod uwagę jego kandydaturę, decydując o obsadzeniu stanowiska szefa swojej kancelarii. "To rzecz mało realna, na ile znam prezydenta i jego ludzi. Stanowisko szefa Kancelarii jest stanowiskiem wysoko politycznym i takim "intymnym". To musi być osoba najwyższego kręgu zaufania, mająca długoletnie doświadczenie współpracy z prezydentem, odczytująca jego gesty, intencje i nie wydaje mi się, by on zechciał mi powierzyć tak ważne stanowisko. Sprawa jest dla mnie zupełną fantasmagorią i nie wiem dlaczego jestem w nią wprowadzany" - wyjaśnił Waszczykowski.
Jak się nieoficjalnie dowiadujemy, Witold Waszczykowski może być ewentualnie brany pod uwagę przy obsadzeniu przez Lecha Kaczyńskiego funkcji zastępcy szefa prezydenckiego Biura Bezpieczeństwa Narodowego, jako osoba mająca duże kompetencje w zakresie problematyki międzynarodowej. Mógłby też trafić do Kancelarii Prezydenta, ale nie jako jej szef, lecz minister do spraw polityki zagranicznej. To stanowisko nie jest obsadzone od czasu dymisji Andrzeja Krawczyka.