Zgodnie z ustawą o IPN, minister obrony narodowej i szef UOP mogli wybierać wąską grupę osób, które miały dostęp do akt. Według "Wprost", dzięki temu tajne służby mogły kontrolować działalność IPN.
W czasie gdy prezesem Instytutu był Leon Kieres w zbiorze zastrzeżonych akt umieszczono dane tajnego współpracownika o pseudonimie "Historyk". Według SB współpracownikiem tym był profesor Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. W zastrzeżonym zbiorze były też dane kilku innych przedstawicieli świata nauki i Kościoła, uważanych za autorytety. Według "Wprost", podczas prezesury Janusza Kurtyki zmniejszono wielkość zbioru zastrzeżonego i dużą część akt włączono do zbioru ogólnego.
Więcej o niszczeniu akt WSI w tygodniku "Wprost".