NIK krytykuje także prace ministrów gospodarki: Janusza Steinhoffa i Jacka Piechoty, Komendanta Głównego Policji – Antoniego Kowalczyka oraz prezesa Urzędu Regulacji Energetyki – Leszka Juchniewicza.
Z kontroli NIK wynika, że ministrowie finansów, przygotowując odpowiednie przepisy podatkowe (zwłaszcza w zakresie akcyzy), z opóźnieniem reagowali na sygnały o nieprawidłowościach na rynku paliw płynnych. Minister gospodarki nie reagował na zagrożenia wynikające z wprowadzenia na szeroką skalę do obrotu paliw niespełniających wymogów jakościowych.
Jednostki Policji w niewystarczającym zakresie wykorzystywały uprawnienia do kontroli rodzaju używanego paliwa przez pobieranie jego próbek ze zbiorników pojazdów mechanicznych. Z 26.640 możliwych badań, przeprowadzono zaledwie – 1892.
Natomiast URE w stopniu niewystarczajacym kontrolował przedsiębiorstwa energetyczne w zakresie ich działalności wynikającej z przyznanych im koncesji. Ponad to, kontrole te odbywały się tylko na podstawie dokumentów przekazanych przez przedsiębiorców.
Poszczególni ministrowie zwlekali z wprowadzeniem odpowiednich regulacji prawnych zapobiegających unikaniu płacenia podatków od paliw – dzięki czemu wielu oszustów paliwowych zbiło niemałe fortuny. Termin wejścia w życie systemu monitorowania i kontroli jakości paliw płynnych został przesunięty o rok z powodu rzekomego braku środków finansowych. Pozwolono więc w ten sposób na dalszy odpływ pieniędzy, które mogły już znajdować się w państwowej kasie. Ponadto w 2000 roku zostało wprowadzone, a następnie utrzymane przez 26 miesięcy zwolnienie z VAT i akcyzy nieograniczonej ilości paliwa wwożonego do Polski w zbiornikach pojazdów, bez monitorowania skali tego zjawiska.
W efekcie zamiast zmniejszać, w Polsce rozbudowywała się paliwowa „szara strefa”, znacznie ograniczając dochody budżetowe.
Na rynku paliw silnikowych występowały nieobciążone podatkiem akcyzowym komponenty mogące służyć do wytwarzania paliw silnikowych poprzez mieszanie produktów naftowych. Mimo, że co najmniej od 1999 roku sygnalizowano wykorzystywanie na znaczną skalę wielu komponentów do nielegalnej produkcji paliw, dopiero od 1 września 2003 roku wprowadzono opodatkowanie podatkiem akcyzowym wszystkich towarów przeznaczonych do użycia jako paliwa silnikowe.