MAEA jest międzyrządową organizacją, wchodzącą w struktury ONZ. Stoi na straży pokojowego wykorzystywania energii jądrowej. Jednym z jej zadań jest prowadzenie kontroli w krajach podejrzewanych o łamanie międzynarodowych konwencji dotyczących wykorzystania energii atomowej, między innymi w Iranie i Libii.
El Baradei stoi na czele MAEA od grudnia 1997 roku. W czerwcu został powołany na trzecią kadencję. Przed objęciem najważniejszego stanowiska w MAEA, był przez 13 lat członkiem jej sekretariatu, a w 1993 roku został wicedyrektorem do spraw stosunków zewnętrznych.
El Baradei wraz z Hansem Blixem, byłym szefem inspektorów rozbrojeniowych ONZ wielokrotnie usiłował przekonać amerykańskiego prezydenta George'a Busha i jego sojuszników do pokojowego rozwiązania konfliktu w Iraku.
