Okręt radziecki wszedł na minę 3 stycznia 1940 w niewielkiej odległości od stojącej na jednej z wysp latarni morskiej Maerkets. Wraz z okrętem na dno poszła cala jego załoga licząca 50 marynarzy.
Zagadką pozostaje, na czyją minę - szwedzką czy fińską - natknął się radziecki okręt i w którym miejscu się to wydarzyło. Sztokholmskie archiwum przechowuje dokument mówiący, że okręt wszedł na szwedzkie wody terytorialne i tam zginął na szwedzkim polu minowym. Finowie mają podobny raport mówiący o katastrofie sowieckiego okrętu podwodnego na ich wodach terytorialnych i na fińskiej minie.
Samo znalezienie wraku jednak nie wyjaśnia jego losu, gdyż leży on na granicy wód obu państw.
Informacja o okręcie S - 2, który jest podmorskim cmentarzem wojennym, przekazana ambasadom rosyjskim wzbudziła duże zainteresowanie Rosji. Rosyjskie władze poprosiły stronę fińską i szwedzką o dokładniejsze informacje o wraku oraz o znalezionych dowodach mogących wyjaśnić przyczyny zatonięcia okrętu.
Poszukiwania S - 2 trwały od 1999 r. Podjęła je grupa nurków szwedzkich i alandzkich. Wśród tych ostatnich jest wnuk latarnika, świadka eksplozji miny i zatonięcia radzieckiego okrętu. Wyspy Alandzkie zamieszkałe przez ludność mówiącą po szwedzku należą do Finlandii.