Dokładny termin podróży jest jeszcze przedmiotem negocjacji dyplomatycznych. Papież obiecał już jednak czeskim biskupom, że przyleci w drugiej połowie września. Wizyta potrwa najprawdopodobniej od dwóch do trzech dni. Według arcybiskupa Graubnera, Benedykt XVI zacznie ją w Pradze, gdzie spotka się z prezydentem Vaclavem Klausem i odwiedzi katedrę świętego Wita. Biskupi chcieliby też, by papież spotkał się z wiernymi na Morawach. Szczegółowy program jego podróży zostanie opublikowany dopiero po zatwierdzeniu go przez Watykan.