Program wizyty przewiduje poranną mszę na placu przed nową bazyliką pod wezwaniem świętego, po której Benedykt XVI odmówi z wiernymi południową modlitwę "Anioł Pański". Po południu papież spotka się z chorymi, personelem i dyrekcją szpitala "Casa Sollievo della Sofferenza", czyli dom ulgi w cierpieniu, założonego jeszcze za życia ojca Pio, największej i najnowocześniej placówki służby zdrowia na całym włoskim południu. Niezadowolenie niektórych czcicieli słynnego zakonnika, którzy przeciwni byli jego ekshumacji w 40. rocznicę śmierci, może wywołać zapowiedź przeniesienia jego relikwii do krypty nowej bazyliki, czego zakazał on w swym testamencie. San Giovanni Rotondo odwiedza każdego roku ponad cztery miliony pielgrzymów. Od kilku lat podlega ono nie współbraciom świętego, ojcom kapucynom, lecz miejscowemu biskupowi. Decyzję o tym podjął Benedykt XVI z powodu postępującej komercjalizacji sanktuarium.
