W trakcie ceremonii pożegnania na praskim lotnisku Ruzyne czeski prezydent Vaclav Klaus powiedział, że stosunki między Watykanem a Czechami znacznie się poprawiły. Przemawiając po włosku, prezydent podziękował papieżowi za wizytę i podkreślił, że z ust Benedykta XVI padły bardzo ważne dla Czechów słowa.
"Przyniosłeś nam zaproszenie do wzajemnego zrozumienia, tolerancji i pokoju oraz przesłanie o znaczeniu naszego regionu i ważności zasad etycznych. Wysłuchaliśmy tego z uwagą i będziemy się nad tym zastanawiać" - powiedział Vaclav Klaus.
Papież podziękował czeskiemu prezydentowi za zaproszenie i gościnność. Po raz drugi dzisiaj złożył mu imieninowe życzenia. Wspomniał też o wszystkich miejscach, które odwiedził w ciągu ostatnich trzech dni. Benedykt XVI zacytował też słowa przypisywane czeskiemu pisarzowi Franzowi Kafce. "Każdy, kto jest zdolny widzieć piękno, nigdy się nie zestarzeje" - powiedział Kafka. Jeśli zatem nasze oczy pozostaną otwarte na piekno Bożego stworzenia, a nasz umysł otwarty na piekno jego prawdy, możemy mieć nadzieję, iż pozostaniemy młodzi i zbudujemy świat, który będzie odzwierciedlał coś z tego wiecznego piękna, a przyszłe pokolenia zainspirujemy do tego samego" - powiedział Benedykt XVI.
W czasie trzydniowej pielgrzymki papież odprawił dwie msze, spotkał się z politykami, przedstawicielami innych wyznań chrześcijańskich oraz naukowcami.
Zgodnie z tradycją, papieża do Watykanu wiezie przewoźnik z kraju, który Benedykt XVI odwiedział. Papież leci zatem Airbusem należącym do Czeskich Linii Lotniczych.