Zdaniem ministerstwa, zebrany w "Białej księdze" materiał nie potwierdza hipotezy o samowoli kontrolerów skarbowych i wyraźnie wskazuje na wykraczający poza administrację skarbową charakter sprawy Romana Kluski i jego firmy.
W lipcu 2002 roku biznesmen został zatrzymany na 48 godzin jako podejrzany w śledztwie dotyczącym rzekomych oszustw podatkowych. Prokuratura podejrzewała go o wyłudzenia podatku VAT na handlu komputerami dla szkół. O przestępstwo oskarżyli go urzędnicy skarbowi. Zarzuty przedstawione Romanowi Klusce nie potwierdziły się. Ostatecznie oczyścił go z nich Naczelny Sąd Administracyjny, a krakowska Prokuratura Apelacyjna umorzyła sprawę. Jednak urzędnicy skarbowi nie ponieśli żadnych konsekwencji.
Ministerstwo ocenia, że niezależnie od zmieniających się opcji politycznych kolejne kierownictwa resortu finansów monitorowały i akceptowały przyjęty sposób działania. Wyniki kolejnych wewnętrznych analiz wskazywały na brak istotnych błędów proceduralnych. W efekcie inspektorzy kontroli skarbowej mieli prawo uznać, że działali prawidłowo. Jednak na konferencji prasowej w Warszawie Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej Paweł Banaś powiedział, że Romanowi Klusce należą się przeprosiny ze strony ministra finansów. Jak wyjaśnił, ministerstwo zawiniło w ten sposób, że nie było w stanie tak skoordynować działań, by uniknąć sytuacji krzywdzącej Romana Kluskę.
W ocenie ministerstwa, sprawa Kluski urosła do rozmiarów symbolu. Jej charakter przyczynił się do postrzegania aparatu skarbowego jako machiny niszczącej przedsiębiorców. Równocześnie wśród pracowników aparatu skarbowego dominowało przeświadczenie o medialnej nagonce na funkcjonariuszy państwa, starających się rzetelnie wykonywać obowiązki.
