Podczas ceremonii pożegnania na monachijskim lotnisku premier Bawarii Edmund Stoiber powiedział, że papież przywiózł Bawarczykom przesłanie, które głęboko zapadnie w ich serca. Za najważniejszy punkt pielgrzymki Stoiber uznał nabożeństwo ekumeniczne w Ratyzbonie. Zwrócił uwagę na fakt, że w spotkaniach z papieżem wzięło udział wielu młodych ludzi, którzy są nowym pokoleniem chrześcijan. Premier Stoiber powiedział, że Bawarczycy chcieliby ponownie gościć papieża.
Benedykt XVI podziękował za serdeczne przyjęcie. Powiedział, że raduje go wiara Bawarczyków, którzy wzięli udział w nabożeństwach z jego udziałem. Papież przypomniał, że właśnie mija 25 lat od ogłoszenia przez Jana Pawła Drugiego encykliki "Laborem exercens". Podkreślił, że zawarte tam myśli o pracy ludzkiej są ciągle aktualne. Na zakończenie papież zacytował hymn Bawarii: "Bóg jest z tobą, Bawario" i powiedział: "Do zobaczenia, jeśli taka będzie wola Boża".
Wsiadającego do samolotu papieża pożegnał bawarskim jodłowaniem chór chłopięcy. Benedykt XVI odleciał do Rzymu maszyną niemieckich linii Lufthansa.
