Na Wzgórzu Świątynnym stoi meczet Kopuła Skały. Benedykt XVI jest pierwszym papieżem, który wszedł do świątyni. Przemawiając do Wielkiego Muftiego Jerozolimy zaapelował o prace na rzecz pokoju i pokonanie konfliktów. "Święte miejsce powinno być bodźcem do przezwyciężania nieporozumień" - mówił papież. Zapewnił także o szacunku dla muzułmanów.
Benedykt XVI przeszedł następnie pod Ścianę Płaczu. W murze, podobnie jak Jan Paweł II, zostawił karteczkę z modlitwą o pokój w regionie.
Papież po południu złoży wizytę w Patriarchacie Łacińskim, w Wieczerniku odprawi Eucharystię a w dolinie Cedronu mszę świętą.