Główne zarzuty dotyczą nieprawidłowości administracyjnych, braku przejrzystości działania unijnych instytucji, odmowy udzielenia informacji, niesprawiedliwego traktowania, dyskryminacji, nadużycia władzy czy pomyłek prawnych. W ubiegłym roku Europejski Rzecznik Praw Obywatelskich otrzymał ponad 3200 tego typu spraw.
Skargę może złożyć każdy obywatel Unii, firma, czy organizacja pozarządowa. Po jej rozpatrzeniu, Europejski Rzecznik Praw Obywatelskich próbuje doprowadzić do rozwiązania sporu. Jego najsilniejszą bronią - co zresztą sam przyznaje - jest specjalny raport, który przedstawia Parlamentowi Europejskiemu.
W przypadku Polski, w przeszłości wiele skarg dotyczyło procedur przy rekrutacji urzędników do unijnych instytucji. Polacy skarżyli się, że podczas konkursów dochodziło do dyskryminacji ze względu na wymagania językowe dla kandydatów z nowych państw członkowskich. Z kolei ekolodzy skarżyli się na współfinansowanie przez Europejski Bank Inwestycyjny projektu modernizacji dróg w Polsce, który - ich zdaniem - miał negatywny wpływ na środowisko.
