Minister w Kancelarii Prezydenta wystąpił o autolustrację, gdy po opublikowaniu katalogu IPN okazało się, że został zarejestrowany przez Służbę Bezpieczeństwa jako tajny współpracownik "Piotr". Rejestracji dokonano w 1987 roku, przed wyjazdem Mariusza Handzlika do Francji.
Podczas mów końcowych prokurator IPN Jarosław Skrok powiedział, że dokument przechowywany w zbiorach Instytutu nie może być w żadnej mierze traktowany jako zobowiązanie do współpracy. Prokurator przypomniał słowa jednego z przesłuchiwanych wcześniej ubeków, o tym, że była to "rejestracja na wyrost i na kredyt, perspektywiczna" i że "takie rzeczy w produkcji dokumentów się zdarzają".
Mecenas Jolanta Turczynowicz-Kieryłło podkreśliła, że chodziło o stopniowe pozyskanie, w przyszłości, osoby, która deklarowała głęboką wiarę, zaangażowanie w życie kościoła, chęć studiowania na katolickiej uczelni, a nawet zamiar wstąpienia do klasztoru. W jej ocenie, tragedią procesów lustracyjnych, jest to, że zeznający esbecy, ludzie o wątpliwej moralności, decydują nadal o tym, "czy kogoś utopić, czy podwyższyć", nadal mogą niszczyć czyjeś życie.
Mariusz Handzlik ponownie oświadczył, że nigdy nie był tajnym współpracownikiem służb bezpieczeństwa PRL i nigdy nie udzielił tym instytucjom żadnej pomocy.