Biskup Małysiak w czasie wojny uczestniczył w tajnym nauczaniu. Wraz z siostrą Bronisławą Wilewską, uratował życie pięciu osobom narodowości żydowskiej. W 1952 roku został doktorem teologii. Pracował m.in. w Zakładzie Wychowawczym im. ks. Siemaszki w Krakowie, a od 1954 wykładał w Instytucie Teologicznym Księży Misjonarzy w Krakowie. W 1959 roku został proboszczem krakowskiej parafii Księży Misjonarzy p.w. NMP z Lourdes. Działał jako duszpasterz akademicki. 14 stycznia 1970 został mianowany biskupem pomocniczym archidiecezji krakowskiej, ze stolicą tytularną Beatia. Sakry biskupiej udzielił mu w dniu 5 kwietnia 1970 roku kardynał Karol Wojtyła, ówczesny metropolita krakowski. Był honorowym obywatelem Krakowa od 2005 roku.