Posłowie PiS-u tłumaczą, że trudno oprzeć się wrażeniu, że UJ został "ukarany" przez polityków PO za kontrowersyjną pracę magistersterską Pawła Zyzaka na temat Lecha Wałęsy. Praca wydana przez wydawnictwo ARCANA odbiła się dużym echem w mediach i ściągnęła na Wydział Historii UJ krytykę.
Podobne wątpliwości wyraził poseł Ryszard Terlecki. Jego zdaniem w czasie prac nad ustawą nic nie zapowiadało, że w budżecie zabraknie środków dla Uniwersytetu. Takich zastrzeżeń w ciągu ostatnich tygodni nie składali między innymi przedstawiciele ministerstwa nauki i szkolnictwa wyższego. Dlatego w opinii profesora Terleckiego można podejrzewać, że przy podejmowaniu tej decyzji senatorowie nie kierowali się rachunkiem ekonomicznym. Domysły środowiska naukowego, które może odbierać gest senatorów jako próbę wywarcia presji na UJ - zdaniem Terleckiego - znacząco ograniczą swobodę badań naukowych w naszym kraju. Według niego taka sytacja spowoduje, że inne uczelnie, zwłaszcza mniej znane i mniej zasłużone dla polskiej nauki niż UJ, będą zastanawiać się, czy ich działalność naukowa nie koliduje z polityką rządu.
Paweł Kowal zaapelował do polityków PO, którzy ukończyli Uniwersytet Jagielloński, by wzięli w obronę swoją byłą uczelnię. Wymienił między innymi nazwiska ministra Grasia, posła Gowina i senatora Sepioła - absolwentów UJ. Zaapelował do nich, by podczas głosowania nie bali się podnieść ręki za Uniwersytetem.
