Pierwszy z zarzutów dotyczy zatrucia środowiska oraz zagrożenia dla życia i zdrowia wielu osób. Chodzi o zakopanie szczątków zwierzęcych na polach firmy senatora. "Grozi za to kara do 5-u lat więzienia" - powiedział rzecznik Prokuratury Okręgowej w Poznaniu Mirosław Adamski.
Z kolei Prokuratura w Chodzieży zarzuca Stokłosie, że w trakcie ostatniej kampanii wyborczej do samorządu złożył on nieprawdziwe oświadczenie o posiadaniu biernego prawa wyborczego. Za to przestępstwo grozi kara do10-u lat więzienia. Postanowienia nie zostały przekazane podejrzanemu ponieważ nie przebywa on w miejscu swojego stałego zameldowania.
Henryk Stokłosa jest poszukiwany krajowym i międzynarodowym listem gończym w sprawie korupcji w ministerstwie finansów. Były senator miał korzystać na wielomilionowych umorzeniach podatkowych.