Mszy, celebrowanej przez biskupów, przewodniczyć będzie kardynał Stanisław Ryłko - przewodniczący Papieskiej Rady do spraw Świeckich. Homilię wygłosi metropolita wrocławski arcybiskup Marian Gołębiewski.
Niedzielną mszę poprzedzi tradycyjna procesja z Wawelu na Skałkę.
Ołtarz Trzech Tysiącleci wzniesiono według projektu profesora Wincentego Kućmy z zespołem. Budowla ma charakter wielofunkcyjny - może służyć liturgii, ale także wydarzeniom artystycznym, na przykład koncertom. Zajmuje powierzchnię tysiąca metrów kwadratowych. Przewidziano 500 miejsc siedzących. Zadaszenie ołtarza w najwyższym punkcie osiąga wysokość 12 metrów.
Tylną ścianę ołtarza wyznacza siedem filarów wzniesionych na wysokość z 8 metrów z litych bloków kamiennych, nawiązujących do kolumnady Berniniego na Placu świętego Piotra w Rzymie. Przy filarach umieszczono posągi świętych i błogosławionych. Trzy centralne filary z różowego kamienia swoim kolorem symbolizują męczeństwo umieszczonych na nich postaci głównych patronów Polski i duchowych opiekunów trzech tysiącleci chrześcijaństwa. Centralnie umieszczono rzeźbę świętego Stanisława biskupa męczennika, z lewej - świętego Wojciecha, a z prawej - sługi Bożego Jana Pawła II, nawiązując do zamachu na jego życie 13 maja 1981 roku.
Cztery kolejne rzeźby przedstawiają postacie związane z Krakowem i zakonem paulinów: świętą Jadwigę królową, świętą Faustynę Kowalską, świętego Jana Kantego i ojca Augustyna Kordeckiego. Natomiast mensa ołtarzowa, ambonka i postument na relikwiarze świętych, jakie niesione są w corocznej procesji z Wawelu na Skałkę, nawiązują do symboliki Trójcy Świętej.
Pomysłodawcą budowy Ołtarza Trzech Tysiącleci był przeor klasztoru paulinów na Skałce ojciec Andrzej Napiórkowski.