Sąd uznał, że nie ma żadnych wątpliwości, iż czterej oskarżeni w latach 1998 - 1999 "bezprawnie i wbrew ogólnie przyjętym zasadom etycznym, moralnym i dobrego obyczaju przyznawali sobie nagrody i premie". Sędzia Krzysztof Ptasiewicz uzasadniając wyrok, mówił, że "z regularnością zegarka Jan Parys i pozostali członkowie zarządu pobierali premie, czyniąc sobie z tego dodatkowe źródło dochodów oprócz pobieranej pensji w Fundacji".
Sąd uznał jednak, że pobrane przez nich kwoty były niższe o około 20 do 30 tysięcy złotych niż przedstawiała to w zarzutach prokuratura.
Dwóch oskarżonych - Jan Parys i Jacek Pająk - zostało ponadto ukaranych grzywną w wysokości 4 tysięcy złotych, a oskarżony Jacek Turczyński - grzywną w wysokości 10 tysięcy złotych.
Wyrok jest nieprawomocny.
Prokuratura oskarżyła Jan Parysa i trzy inne osoby - byłych członków Zarządu Fundacji "Polsko - Niemieckie Pojednanie" o wyrządzenie znacznej szkody majątkowej dla osiągnięcia własnej korzyści. W 2003 roku Najwyższa Izba Kontroli ustaliła, że oskarżeni pobrali niezgodnie z prawem ponad 400 tysięcy złotych tytułem premii kwartalnych. Groziła im za to kara od 6 miesięcy do 8 lat więzienia.
W mowie końcowej prokurator żądał dla oskarżonych kary dwóch lat więzienia w zawieszeniu na 5 lat. Po ogłoszeniu wyroku prokurator powiedział, że nie wie jeszcze, czy będzie składał apelację od wyroku. Odwołania natomiast zapowiedzieli obecni adwokat Jana Parysa i obrońca Jacka Turczyńskiego.
Oskarżenie domagało się też, by sąd nałożył na Jana Parysa i pozostałych obowiązek naprawienia szkody i zwrot pieniędzy.
Oskarżeni twierdzili, że są niewinni i nie złamali prawa. Przed sądem wnieśli o uniewinnienie i przekonywali, że przyznanie nagród nastąpiło w drodze uchwał Zarządu Fundacji i nigdy nie było to "kwestią sporną". Twierdzili też, że nagrody i premie nie uszczupliły środków przeznaczonych na rzecz działalności Fundacji. W mowie końcowej zgodnie mówili, że pretensji ani uwag o charakterze prawnym nie miał też niemiecki odpowiednik Fundacji, który przeznaczał część funduszy na Polsko-Niemiecką Fundację.