W sierpniu 2002 r. prezes UOKiK zarzucił spółkom PKP (w tym Intercity oraz Przewozy Regionalne) stosowanie praktyki monopolistycznej, polegającej na pobieraniu wygórowanej opłaty manipulacyjnej od podróżnych, którzy nie mają podczas kontroli dokumentu poświadczającego prawo do przejazdu ulgowego. Urząd nie kwestionował przy tym zasadności pobierania opłaty tego typu, lecz jedynie jej nadmierną wysokość. Spółki PKP ustaliły ją na 49,94 zł.
Zdaniem UOKiK wielkość ta nie wynikała z kalkulacji kosztów. Świadczy o tym fakt, że wszystkie spółki PKP realizujące przewozy pasażerskie stosowały jednakową opłatę manipulacyjną. Oczywistym wydaje się natomiast, że każda z nich – ze względu na zróżnicowany zasięg i zakres prowadzonej działalności – powinna ponosić także zróżnicowane koszty związane z ustaleniem, czy dany pasażer jest osobą uprawnioną do zniżkowych przejazdów.
UOKiK zwrócił uwagę, że mimo zmiany stawki podatku VAT z 22 na 7 proc. wysokość opłaty manipulacyjnej pozostała na niezmienionym poziomie. Ponadto z ustaleń organu antymonopolowego opłata manipulacyjna PKP jest średnio około 6 razy wyższa niż pobierana przez innych przewoźników samochodowych i autobusowych.
Biorąc pod uwagę powyższe, prezes urzędu uznał pobieranie opłaty manipulacyjnej w tej wysokości za praktykę ograniczającą konkurencję i nałożył na spółki PKP kary pieniężne – na PKP Przewozy Regionalne 635 702,95 zł, a na PKP Intercity 49 658,79 zł. Ukarani zostali wówczas również inni przewoźnicy PKP (Szybka Kolej Miejska w Trójmieście oraz Warszawska Kolej Dojazdowa). Przy ustalaniu wielkości kar (trzykrotność kwoty sumy uzyskanej przez każdą ze spółek z opłat manipulacyjnych) wzięto pod uwagę szkodliwość społeczną praktyki i jej powszechność, a także fakt, że godzi ona w interes szerokiego kręgu pasażerów, dla których indywidualne dochodzenie roszczeń na drodze cywilnoprawnej może być uciążliwe.
Sąd Ochrony Konkurencji i Konsumentów, do którego odwołali się ukarani przedsiębiorcy, zmienił decyzję prezesa urzędu, nie stwierdzając stosowania przez spółki PKP nadmiernie wygórowanej opłaty manipulacyjnej. Ten wyrok SOKiK został uchylony przez Sąd Najwyższy. Uwzględnił on kasację złożoną przez UOKiK, uzasadniając przy tym, że wyrok Sądu Ochrony Konkurencji i Konsumentów nie jest prawidłowy pod względem proceduralnym, ponieważ zmienił on decyzję Urzędu i rozstrzygnął sprawę merytorycznie, nie przedstawiając przy tym żadnych dowodów uzasadniających odmienne rozstrzygnięcie.
Sprawa została skierowana do ponownego rozpatrzenia przez Sąd Ochrony Konkurencji i Konsumentów.