Niektórzy posłowie opozycji zarzucają mu, że w czasie gdy był ministrem finansów wydał rozporządzenie, które umożliwiło importerom leków uzyskiwanie wyższej marży na lekach refundowanych. Budżet państwa miał stracić na tym około 3-ech miliardów złotych.
Według Leszka Balcerowicza, oskarżenia te są fałszywe, ponieważ to on, jako minister finansów zmienił wadliwy stan prawny wydając w 2000 roku rozporządzenie, które uniemożliwiło zawyżanie marży na leki. Podkreślił, że w związku z fałszywymi zarzutami pod jego adresem oczekuje chociażby wyrazów ubolewania.