W przypadku wyboru IKE w formie funduszu inwestycyjnego można zawierać umowy o prowadzenie IKE z różnymi funduszami inwestycyjnymi zarządzanymi przez to samo towarzystwo funduszy inwestycyjnych. Poszczególne fundusze różnią się zwykle poziomem ryzyka i wysokością oczekiwanych zysków, np. fundusz akcyjny, zrównoważony, obligacji, pieniężny. Łączna suma wpłat do wszystkich funduszy nie może jednak przekroczyć w roku kalendarzowym rocznego limitu wpłat na IKE (jest to 300% prognozowanego przeciętnego miesięcznego wynagrodzenia w gospodarce narodowej). W 2009 r. limit ten został określony na poziomie 9576 zł. Gromadząc jednostki uczestnictwa różnych funduszy można również dokonywać konwersji (zamiany) jednostek uczestnictwa funduszu na jednostki uczestnictwa innych funduszy inwestycyjnych prowadzących IKE zarządzanych przez to samo towarzystwo. Takiej sytuacji nie traktuje się jako zmiany formy IKE.

Fundusz inwestycyjny jest wygodną formą pomnażania środków, gdyż towarzystwo zatrudnia doradców inwestycyjnych, którzy śledzą trendy rynkowe i podejmują decyzje o kupnie lub sprzedaży papierów wartościowych, aby przynieść klientom możliwie najwyższy zysk. Towarzystwa Funduszy Inwestycyjnych (TFI) proponują zazwyczaj kilka modelowych portfeli, złożonych z różnych funduszy będących w ofercie danego towarzystwa. W zależności od indywidualnych preferencji oszczędzającego, można sięgnąć po rozwiązanie bardziej lub mniej ryzykowne. Wybierając fundusz należy wziąć pod uwagę wiek oszczędzającego i jego oczekiwania w zakresie akceptowanego ryzyka i wysokości przyszłych zysków. Osoby młode o dłuższym horyzoncie oszczędzania powinny inwestować bardziej agresywnie (np. w akcje), natomiast osoby zbliżające się do wieku emerytalnego powinny ograniczać ryzyko inwestycyjne i lokować środki w jednostkach funduszu zrównoważonego a później bezpiecznego.

Wybierając fundusz inwestycyjny należy zwrócić szczególną uwagę na sposób pobierania opłat i ich wysokość. Wysokość opłat różni się pomiędzy funduszami, dlatego dokonywany wybór powinien być dobrze przemyślany. Większość TFI nie pobiera na wstępie żadnych prowizji. Pobiera je jednak przy umorzeniu jednostek, czyli w momencie zamykania inwestycji. Trzeba więc pamiętać, że prowadzenie konta niekoniecznie jest darmowe. Taka konstrukcja opłat premiuje długotrwałe oszczędzanie w jednym funduszu - częste zmiany funduszu nie będą korzystne dla oszczędzającego. W przypadku przeniesienia środków do innej instytucji przed upływem 12 miesięcy fundusz pobierze również opłatę karną.

Towarzystwo funduszy inwestycyjnych pobiera ponadto opłaty za zarządzanie aktywami klientów. Maksymalna wysokość opłaty za zarządzanie musi być podana w statucie funduszu. Opłata ta jest naliczana według stałej stawki od wysokości aktywów - im lepiej towarzystwo inwestuje, tym więcej zarabia.

Dochody uzyskane z tytułu wzrostu wartości jednostek uczestnictwa funduszy nabywanych w ramach IKE są zwolnione z 19% podatku od dochodów kapitałowych zwanego potocznie "podatkiem Belki".

Odpowiedź na pytanie przygotowała ekspert w BRU Joanna Owczarek; aktualizacji i uzupełnień dokonał starszy specjalista w BRU Mariusz Denisiuk