PPE są nadzorowane przez Komisję Nadzoru Finansowego (KNF). Zgodności z prawem program poddawany jest już na etapie tworzenia, kiedy pracodawca dokonuje jego rejestracji. KNF odmawia wpisu do rejestru w przypadku, gdy program nie jest zgodny z przepisami ustawy.
Pracodawca jest obowiązany do przekazywania organowi nadzoru rocznej informacji, a także zgłaszania do rejestru wszelkich zmian w zasadach prowadzenia programu dotyczącej realizacji prowadzonego programu. Jeżeli pracodawca prowadzi program niezgodnie z prawem, jest wzywany przez organ nadzoru do usunięcia nieprawidłowości. Za naruszenie przepisów pracodawcy grozi kara pieniężną w wysokości do 50.000 złotych. Pełnemu nadzorowi na odrębnych zasadach podlegają także instytucję finansowe, do których trafiają środki w ramach PPE. Ten nadzór sprawuje także Komisja Nadzoru Finansowego.
Również w przypadku, gdy PPE prowadzone jest w formie zarządzania zagranicznego Komisja Nadzoru Finansowego sprawuje nadzór nad zagraniczną instytucją zarządzającą w zakresie zgodności prowadzenia programu z polskim prawem. Warunkiem dopuszczenia zagranicznego zarządzającego do prowadzenia PPE jest poddanie działalności tego podmiotu nadzorowi państwa macierzystego, tj. państwa członkowskiego UE, gdzie ma on swoją siedzibę.

Odpowiedź na pytanie przygotowała ekspert w BRU Joanna Owczarek