Zgodnie z projektem nowelizacji rozliczenie to ma odbywać się na podstawie elektronicznego dokumentu dostawy, z użyciem systemu teleinformatycznego. Projekt zakłada również wprowadzenie elektronicznego Centralnego Rejestru Podmiotów Akcyzowych, który zastąpi 44 papierowe rejestry akcyzowe, prowadzone przez naczelników urzędów skarbowych właściwych w sprawach akcyzy.
Wprowadzenie centralnego rejestru ma zapewnić organom podatkowym i przedsiębiorcom aktualną informację na temat podmiotów akcyzowych, a także ułatwić weryfikację podmiotów uczestniczących w dostawach wyrobów akcyzowych.
W celu zapewnienia monitorowania wszystkich rodzajów dostaw wyrobów akcyzowych zwolnionych od akcyzy i opodatkowanych zerową stawką akcyzy ze względu na ich przeznaczenie w projekcie przewidziano również objęcie monitorowaniem w systemie EMCS PL2 dostaw zwolnionych z akcyzy wyrobów węglowych realizowanych przez niektóre pośredniczące podmioty węglowe, także wyrobów akcyzowych opodatkowanych stawką zerową w zakresie dostaw importowych i eksportowych.
Do 31 stycznia 2022 r. ma zostać wydłużony okres, w którym możliwe będzie dokonywanie dostaw wyrobów akcyzowych zwolnionych od akcyzy oraz opodatkowanych zerową stawką także na podstawie stosowanej dotychczas dokumentacji papierowej.
