- w 1998 r. Łyżwiński razem ze swoją żoną Wandą zostali skazani za nieprawidłowe rozliczenia podatków - w 2001 r Łyżwiński przyznał się, że był świadomym i tajnym współpracownikiem organów bezpieczeństwa. Według jego tłumaczeń został zarejestrowany przez SB, jednak nic nie zrobił.
- w grudniu 2002rozpoczął się proces w sprawie zarzutu udaremnienia egzekucji komorniczej należących do posła pojazdów. W 2004 sąd uniewinnił Łyżwińskiego.
- w kwietniu 2006 r. został postawiony mu zarzut wyłudzenia pieniędzy z Kancelarii Sejmu. Ujawniono że poseł Łyżwiński wraz z żoną (oboje członkowie Samoobrony) otrzymali z budżetu parlamentu w poprzedniej kadencji Sejmu ponad 300 tysięcy zł tzw. "ryczałtów paliwowych" tytułem zwrotu kosztów korzystania z prywatnego samochodu na potrzeby służbowe. W tym czasie nie posiadali samochodu - w sierpniu 2007 r.w związku z tzw. seksaferą Sejm uchylił immunitet i zgodził się na aresztowania Łyżwińskiego. Prokurata stawia mu 7 zarzutów w tym m.in.: gwałtu i podżegania do porwania biznesmena
- 26 sierpnia 2007 r. Łyżwiński został aresztowany